马坝镇位于江苏省中部，北临洪泽湖，东临高邮湖，南面是伸入江苏腹地的安徽天长区块。东与江苏省高邮市、扬州市、仪征市毗邻，西与盱眙、安徽蚌埠市接壤。紧靠宁镇扬，邻近苏锡常，位置独特，窗口作用显著，素有“全国百强镇”之称。
马坝镇不仅地理位置独特，而且交通便捷。陆路有三条高速公路穿境而过。向东距扬州约一小时车程，向南1小时可达南京市区，4小时可达上海，水路由北面的运河经高邮湖直通长江。