PIR

PIR的产生PIR（Protein Information resource,蛋白质数据库）的出现先于核酸数据库。在1960年左右，Dayhoff和其同事们搜集了当时所有已知的氨基酸序列，编著了《蛋白质序列与结构图册》。从这本图册中的数据，演化为后来的蛋白质信息资源数据库。

PIR的概念PIR是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组/蛋白质组研究。PIR与其他组织合作，共同构成了PIR-国际蛋白质序列数据库（PSD）——一个主要的已预测的蛋白质数据库，包括250，000个蛋白。

PIR的功能为了提高蛋白质预测和实验数据之间的相互吻合度，PIR建立了一套系统，允许研究者们递交、分类、提取文献信息。PIR提供了在超家族、域和模体水平上的对蛋白的分类。PIR同时提供了蛋白的结构和功能信息，并给出了与其他40个数据库之间的相互参考。PIR还提供了一个非冗余的蛋白质数据库，包括从PIR-PSD，SWISS-PROT，TrEMBL，GenPept，PDB收集来的约800，000条序列，对每条序列给出了一个符合的名称和相关文献。为了提高数据库的协同工作能力，PIR采用开发的数据库框架，利用XML技术进行数据发布。

除了蛋白质序列数据以外，PIR还包含以下信息：

（1）蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源；

（2）关于原始数据的参考文献；

（3）蛋白质功能和蛋白质的一般特征，包括基因表达、翻译后处理、活化等；

（4）序列中相关的位点、功能区域。

PIR提供三种类型的检索服务：

（1）基于文本的交互式查询，用户通过关键字进行数据查询。

（2）标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等。

（3）结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索等。

PIR站点在PIR的站点上（http://pir.georgetown.edu/）也提供了常规的生物信息学工具，以进行数据发掘。