穿膜运输transmembrane transport:发生在细胞质基质与细胞器之间，蛋白质穿过细胞器的膜从细胞质基质进入细胞器内。存在于靶细胞器膜中的蛋白质转运子识别蛋白质的分选信号并帮助其穿膜，穿膜的蛋白质一般是非折叠状态也可在折叠状态下穿膜。蛋白质从细胞质基质进入内质网、线粒体和过氧化物酶体都采用这种方式。