尼日利亚菌素是一个多环醚羧酸（polycyclic ether carboxylic acid）化合物。其作用主要是进行氢离子和钾离子的交换。类似颉氨酶素与钾离子形成复合体一样，它的带负电荷的羧化物与阳离子相互作用形成尼日利亚菌素-钾离子复合体，进行氢离子-钾离子交换。