洪杨之乱
鸦片战争(一八四○)开始的百余年，是中国历史上最急剧变化的时代，而近代的佛教也随着国史的剧变，遭受到一连串重大的冲击，其中，太平天国的排佛，其祸患比起过去三武一宗的法难，可说是有过之而无不及。
咸丰元年(一八五一)，洪秀全、杨秀清等人利用鸦片战争失败后，国人仇恨帝国主义的情绪，及一般人崇拜洋教的心理，发动了史无前例的宗教战争。势力所及，扩至十六省，几乎占据了大清的半壁河山。由于他们以耶稣教为号召，禁止耶稣基督以外的一切信仰，以致兵力所到之处，无论佛寺、道观，或民间祖先祠堂，乃至儒教孔庙等，全都被焚毁一空，佛像经卷也被彻底破坏，不但中国文化遭到严重打击，佛教受到的破坏尤其惨重。
洪秀全是广东花县人，自幼熟读儒书，尤其喜好史学，对古今兴亡大事常有骇人的见解。他立志循科举仕途为官，但屡次应考失败，愤怨之余，又见清廷政治腐败，官吏贪黩，民生困穷，于是立下革命的决心。当时有朱九畴组织上帝会，阴谋反清复明，洪秀全便与表弟冯云山同往师事。洪秀全崇拜耶稣所描绘天国中的太平景象，成为一个狂热的教士。其后，广西大饥荒，盗匪群起，各地掠夺杀害，洪秀全乘机与冯云山、杨秀清等人设立“保良攻匪会”，洪秀全假装死亡，七日后又复苏，他告诉大众说：“上帝告诉我，天下有大灾难，命我出来平定，凡是进入我的国度，礼拜我的人，都可以安然无事。”他宣称耶稣不是独生子，还有一个弟弟，就是洪秀全；上帝是天父，耶稣是天兄。朱九畴死后，洪秀全被推为上帝会教主。他把家中的佛像神像和孔孟百家经书、《论语》等，全部焚毁。
道光三十年(一八五○)，洪秀全在广西桂平县的金田村起事。咸丰元年(一八五一)，建号太平天国，自称天王。咸丰三年，攻陷南京，改称天京，定为国都，并颁行天条书，用来箝制军民的信仰，内容主要是：奖励日曜(周日)礼拜、赞美上帝恩惠、禁止崇拜一切邪神等。强制规定，军人入营后二十一日，如不能背诵，一概格杀勿论。他又说，上帝愤怒世人崇拜邪神，行邪事，大犯天条，特命天王(他)诛妖，作世间的真主。清室因承平日久，将骄卒惰，无法应战。太平天国的军队，所至之处，连战皆捷，十余年间，就占领了广东、广西、湖南、湖北、江西、安徽、江苏、浙江、福建、云南、贵州、四川、山东等重要地区。由于洪、杨等人倡导信仰上帝教，因此太平军所到之处，“无庙不焚，无神不毁”，把素有佛教花园之称的江南一带及云贵、两广等地的佛教，作了彻底的摧残。
咸丰四年二月，曾国藩为维护满清统治，根据《纪效新书》（戚继光著）组织湘军，对太平军发布讨匪檄文，正式宣战，历经十年，终于在同治三年(一八六四)光复天京，才把祸害十五年之久的太平天国消灭，劫后余生的佛教才又得以再次重建。