古方派
由曲直濑流医术主导的后世方派的出现，使得日本汉方医学出现了百家争鸣的局面。随后在汉方的发展过程中产生了一支以反对金元医学，尊崇张仲景的流派——古方派。古方派从字面上解释，就是运用张仲景古医方的离宗学派。
古方派医学的理论基础玄医一派以伤寒论为基础，提倡着贵阳贱阴、扶阳抑阴的治疗方针。在玄医的学说中曾经有着这样一段话“前有杨墨之道塞天下，孟子辟之；今有刘朱之徒以阴虚之说塞路，我自当学孟子以辟之。”这段出自《丹水子》的话一直被人们认为是玄医学派否定后世方派的根据。但是就花轮寿彦的一些研究著作来看，玄医的学说并非完全建立在否认曲直濑流也就是后世派的学说，他的学说主要是构筑在中国的「易水学派」和「错简重订学派」的基础上。虽然说有这之中也有《伤寒论》的成分存在。但《伤寒论》却并非是这一派独一无二的教本，就算是这一派没有说明是否有受金元学说的影响，但是从现存的一些记录来看，可以从中看出对他们影响极为深厚的是明清时代的中医学说。
传承与发展
作为请求进入名古屋玄医门下学习却为之所拒的后藤艮山并不是一个特别信奉张仲景的人。对他来说张仲景只不过是和“素灵，八十一难，张机，葛洪，巢原方，孙思邈、王焘等同被列举了著作中的一人而已”。他的主张是在实践之后再多用仲景方，同时他作为一气留滞说的提倡者也被世人所熟知；此外的他还提出了“三因方面说”：即内所因，外所因，不内外所因的意义也被医学界所认可。作为发病的决定因素是掌管生物的防卫机能、气机引等东西。但作为治疗法来说，食物疗法、灸、熊、蕃椒、温泉、悬瀑、顺气剂、民间疗法等多方面都应该去尝试。从这一点上来看艮山对葛洪的学说似乎有着相当的亲近感。
艮山门人的香川修庵甚至走在他老师的前面对《伤寒论》的内容进行了批评，将三阴三阳的学说否定了。修庵是一名出色的学者，从他的著作『一本堂行余医言』、『一本堂药选』中我们可以得知他精通古典，从对古典著作的研究中他找到了盲目信奉前人的学说不如注重自己的研究成果的自信。 而且他不相信以前的权威古典和先人，可以说是“自我作古”的典范。
艮山门人中的山胁东洋是在古方派中最信奉张仲景的人之一，而且是被认为使用古方最多的人。可是，他并不是只使用仲景方，从他努力重版的《外台秘要方》来看就知道他是一个视野宽广的人物。而且东洋的目标是“根据古之道采用今之术”，因此对于他来说更重要的是张仲景的那种实证精神，在实践中认识并利用古方。一七五四年东洋在细读了外国的解剖书后，进行了日本最早的的人体解剖实验，五年后的一七五九年，他写就了有名的《藏志》一书，成为了当时解剖学的先驱人物。
特色学说
古方派人才中最具特色的莫过于提倡“万病一毒说”而为世人所知的吉益东洞。东洞他认为疾病是因为后天生成的病毒侵入人体而造成的，毒的种类也只有一种。毒的发生就会造成人生病，这就是万病所发生的原因。而毒所在的部位会表现出异常的病态，以上的学说对于东洞先生来说是深入骨髓的，而且为了明确在体内存在的毒的所在部位要在以前的诊断法之外再使用腹诊法。长年累月，他的腹诊法水平也达到了当时的顶点。后来东洞又将《伤寒论》脱胎换骨并将其处方分门别类的写成了《类聚方》一书，同时在认识了各种生药构成成分的基础上写就了《药征》一书。虽然提出了万病一毒之说，可是这之中却存在着很大的漏洞。首先，产生疾病的原因千差万别，怎么可能只是“一毒”引起的。再则，他所谓的实证亲试，又近乎于头痛医头、脚痛医脚，这样一来就再一次倒退回了《内经》前的经验医学的范围中。
总结
古方派的人们并不都把古方作为金科玉律。对他们来说即使是相同的事，也存在着很大程度的差异——例如：对金元流的病埋论、药理论进行批判等事情都可以看出。另一方面，对张仲景方面给予了充分敬意的人也在被称作为后世派的人们中对金元流的烦琐的理论不再深入研究；重视经验，口诀之类的人也变的少了起来。随后又产生了批判把亲试实验作为古方派招牌是错误的想法。古方派，后世方派，以及后来的兰医学不断的重复着对立与调和。其间的种种成果，直到幕未还在为人们所研究。