南山别院是南山功德基金会的所在地。1996年，为促进中外佛教文化的交流，加强佛教界的友好合作，广结善缘，弘宣佛法，南山功德基金会成立，基金会将摹集资金以利于建设南山寺和佛门的善行，其中，也供奉着鉴真和尚像。