于孔兼之弟。万历三十二年(1604)，与顾宪成、高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、及其兄于孔兼等人，讲学其中，“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”，其言论被称为清议。朝士慕其风者，多遥相应和。这种政治性讲学活动，形成了广泛的社会影响。“三吴士绅”、在朝在野的各种政治代表人物、东南城市势力、某些地方实力派等，一时都聚集在以东林书院为中心的东林派周围。时人称之为东林党。