Clustalx

软件简介:CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；

你可以选择序列子集进行比对；

你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；

可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提

流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果

后续分析：1)Clustalx比对生成的结果可读性不是太好，一般需要专业的序列着色软件处理，如Boxshade、ESPript，这两个工具都是在线进行，其中Boxshade图解教程详见本Blog日志。

Boxshade在线网址：http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html

ESPript在线网址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

2)转换ALN文件，进一步构建系统发育树，转换格式依不同软件而有所不同，如在PHYLIP分析前需要将ALN格式转换为PHY格式方可...

注意事项：1)dnd是向导树文件，可以用TreeViews软件查看树图。注意：向导树不是系统发育树，两者区别敬请关注近期－系统发育分析专题。

2)多重比对文件推荐要求为规范的FASTA格式，文件扩展名不限，格式大致如下：

引用:

>RGDV_BAA02676

MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN

>RGDV_ABC75537

MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFCHLWVIMSFIAVFGRYYTVN

>RGDV_AAO64253

MSRQAWIETSALIERISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN

>RGDV_AAY14576