超显性假说
Shull(1908)提出这一假说,认为杂种优势是基因型不同的配子结合后产生的一种刺激发育的效应。East(1918)认为杂种优势来源于双亲基因型的异质结合而引起等位基因间的互作而刺激生长的功能。例如A1和A2是２个等位基因，其杂合体A1A2比纯合体的双亲A1A1和A2A2显示出更大的生长优势, 优势增长的程度与等位基因间的杂合程度有密切的关系。
显性假说强调显性基因的作用, 超显性假说则强调基因间的相互作用，它们虽然不相互排斥, 但也不能概括一切。而根据作物数量性状的遗传分析，杂种优势的遗传实质应是显性效应、累加效应以及异位显性、互补作用和超显性等各种基因效应的综合。在某一组合中可能以某一作用为主；不同的性状、基因作用方式也可能不一样。