钟山书院以南京东郊钟山而得名，初设于雍正二年（1724年）。由两江总督查弼纳创建。停办后于道光九年（1829年）重建。1853年太平天国时期停办。1864年清克南京城后两江总督曾国藩重建。1903年，改为江南高等学堂。
历任山长
杨绳武
夏之容
卢文弨
钱大昕
姚鼐
胡培翚
陶澍
唐鉴
李联琇
梁鼎芬
缪荃孙