石铁流
教授，博士生导师
学科组：生物信息学
简历：
2008 受聘为华东师范大学生命医学研究所和生命科学学院教授、博士生导师
2002.6 － 中国科学院上海生命科学研究院工作
1993.9 -2000.1 美国Louisville大学分子生物学博士
1998.7 -1999.8 美国Louisville大学计算机硕士
1989.9 -1992.7 中国科学院上海植物生理研究所植物生理专业硕士
1984.9 -1989.7 湖南师范大学生物系本科
主要科研工作经历
2003年回国以来，一直从事生物信息学领域的研究工作，主要开展了以下五个方面的研究：蛋白质功能和蛋白质－蛋白质相互作用分析；基因表达谱和基因调控网络分析；基因功能和比较基因组研究；生物信息学分析方法的开发；生物信息、数据的整合及相关数据库的设计和开发。
共发表论文28篇，其中SCI收录21篇，多次被SCI期刊（包括Nature，Nature Protocols，Plos Biology，Trends in 系列等）引用，研究工作受到了国际上相关领域专家的关注。参加编写了论著《生物学前沿技术在医学研究中的应用》（第十五章 － 生物信息学与生物医学， 2007年复旦大学出版社出版）；《现代分子生物学模块实验指南》（模块十，生物信息学与网络应用，高等教育出版社，2007年）。
五年来，承担和参与了多项国家973、863和上海市重大、重点项目和国家自然科学基金。
科研成果
1.改进了基于系统进化谱预测蛋白质相互作用的方法。
2.分析了基于基因组内容的预测蛋白质相互作用方法各自的局限性和偏好性，提出了一套新的优化的整合方法。建立了蛋白质相互作用的预测系统。
3．将Bayes方法应用到蛋白质相互作用预测方法的整合中，克服了各种方法所具有的局限性和偏好性，提高了预测的覆盖度和准确性，并将整合的方法应用到拟南芥全基因组范围内的蛋白质相互作用预测中，建立了拟南芥蛋白质相互作用的应用平台。
4. 将改进的Bayes算法 – 模块网络(Module Network)应用到小鼠脑中各个区域的功能研究中，建立小鼠脑中bHLH转录因子的调控网络。
5.将比较基因组学的方法应用到水稻基因组的比较中，发现了大量的单核苷酸多态性和缺失、插入，建立了相关的水稻分子标记应用系统。
科研项目
1． 国家高技术研究发展计划(863计划)重点项目， “中国人群遗传多样性数据库系统的建立”，课题负责人，已完成。
2． 国家自然科学基金， “数据库整合基础上的信号传导途径和代谢途径的动态模拟及动态重现”，课题负责人，已完成。
3． 国家863课题，“基于生物医学信息整合和挖掘的肿瘤相关基因及分子标记发现”，课题负责人，正在进行。
4． 国家973项目，“基于信息技术的蛋白质研究”子课题，已完成。
5． 国家973项目，“异戊二烯代谢网络及调控研究”子课题，参与，正在进行。
6． 上海市重大项目， “利用系统生物学理念及方法动态研究肿瘤发生治疗”中的子课题，已完成。
7． 美国FDA的MAQC（Microarray Quality Control）国际合作项目，负责毒理基因组学中鉴定小分子毒理的特征基因挑选和肿瘤分子标记发现的研究，正在进行
代表性的论文
1. AtPID: Arabidopsis thaliana protein interactome database an integrative platform for plant systems biology. Nucleic Acids Res. 36: D999-D1008, 2008
2. Regulatory Module Network of bHLH Transcription Factors in Mouse Brain. Genome Biol. Vol.8 (11):R244, 2007
3. Identification and analysis of the mouse basic/Helix-Loop-Helix transcription factor family. Biochem Biophys Res Commun. Vol.350:648-656, 2006
4. Refined phylogenetic profile method for predicting protein-protein interaction. Bioinformatics Vol.21(16):3409-3415, 2005
5. Detection of genome-wide DNA polymorphisms in Rice. Plant Physiology Vol.135(3):1206 – 1220, 2004