鸟枪法
鸟枪法(Shotgun method):使用基因组中的随机产生的片段作为模板进行克隆的方法。
“鸟枪法”最初主要用于测定微生物基因组序列。近年来,美国塞莱拉公司先后利用改进的全基因组“鸟枪法”完成了果蝇和人类基因组的测序工作,证明了它在测定大基因组上的可行性和有效性。
大致步骤1.使用限制性内切酶将带有目的基因的DNA链切成若干小段。
2.再使用DNA连接酶将其整合到载体的基因中,并使其表达。
3.如果在某个细胞中得到了目的产物,就说明整合到该细胞中的DNA片段就是所需要的DNA片段。
特点“鸟枪法”优点是速度快,简单易行,成本较低。但用它来测序,最终排序结果的拼接组装不太容易。中国科学家设计出了一种序列组装软件,能有效克服“鸟枪法”全基因组测序组装过程中的困难。
在研究中,他们首先在整个水稻基因组上生成许多已知长度的DNA(脱氧核糖核酸)切片,然后使它们按DNA序列的重合区域进行排列。这些切片数量足以覆盖水稻基因组4次。科学家们接着确定每个切片的碱基对序列,并用计算机程序将其组装成更长的片段,然后将这些片段排序、装配成10万多个被称为支架的更大组件。
他们设计出的软件重点是通过支架水平上的接近来进行组装,并采取了独特的重复序列处理算法,可识别并暂时屏蔽占水稻基因组约40%的重复序列。这样做的好处是既能减少计算量,又最大限度降低了错误拼接的可能性。
美国珀杜大学植物遗传学家贝内特泽恩评价说,中国科学家的水稻基因组计划,“提供了一个有关鸟枪测序法速度和效率的极好范例”。