有一些自身组织成分虽具有免疫原性，但在正常情况下，由于组织屏障，不能进入血流，因此不能与免疫细胞接触，也不能激发免疫应答，称此种抗原为隐蔽性自身抗原。
例如脑组织、眼晶状体蛋白及精子等。一旦因外伤或手术等原因，可使此种抗原进入血流时，则可引起自身免疫应答。