某些结构，如线粒体基粒、核糖体和蛋白质及其组装成的纤维甚至病毒等，可以通过负染色（negative staining）电镜技术观察其精细结构。其分辨率可达1.5nm左右。负染色是用重金属盐，如磷钨酸或蜡酸双氧铀，对铺展在载网上的样品进行染色，吸去多余染料，样品经过自然干燥后，整个载网上都铺上了一薄层重金属盐，从而衬托出样品的精细结构。