模板的识别阶段包括RNA聚合酶全酶对启动子的识别，聚合酶与启动子可逆性的结合形成封闭复合物。此时，dna链仍处于双链状态。伴随着dna构象上的重大变化，封闭复合物转变成开放复合物，聚合酶全酶所结合的DNA序列中有一小段双链被解开。