农村合作医疗系统是对外开放的查询系统，可以有多种查询方式，包括营业厅多媒体查询，因特网查询，电话语音查询：
营业厅查询：可以查询办事流程，医保政策文件查询，组织机构查询，定点医院定点药店简介，单位查询（已缴费、欠费、滞纳金等），个人查询（个人账户），医院查询。