林祖乙，福建泉州人。１９５４年毕业于大连海运学院航海系。１９５６加入中国共产党。历任上海海运局船舶三副、船长，上海远洋运输公司船长、海务监督室主任、副经理、经理，中国远洋运输总公理总经理，交通部副部长，中国航海学会第二届副理事长，中国交通运输协会第二届常务理事。