由于机关档案管理和整理方法与档案馆的档案管理和整理有所不同，所以档案馆要对进馆档案进行整理，它包括全宗划分、分类、案卷排列、档号编制、目录编制等。其中编制馆藏档案的案卷号是档案管理的一项重要基础性工作，科学的编制案卷号，有利于档案的管理和利用。国家档案局1987年12月印发的《机关档案工作业务建设规范》中将案卷号分为档案馆编和档案室编两种。