1951年1月,福建省卫生厅直属医院(1949年8月由接管的国民党军联勤第二肺病疗养院改编,位福州西郊后县)改编为第十兵团直属医院。
1954年底,改编为中国人民解放军第九十三医院。
1959年1月,扩编为福州军区总医院,500床位,定额500名。
1985年9月,改称南京军区福州总医院。