嗜酸微生物是指生长的最适pH在4个以下的微生物。弱酸性（Ph3~4）的自然环境较普遍，如某些湖泊、泥炭土和酸性沼泽。典型的嗜酸微生物如酸矿水中的化能自养硫氧化细菌，自热的煤堆和酸热泉中的嗜热嗜酸细菌。能在pH接近中性的微生物称为耐酸微生物（acidotolerant microorganism）。