国家出入境检验检疫局财务司是国家出入境检验检疫局的下属部门之一，其主要职责是：
拟定出入境检验检疫系统财务、会计管理制度和基本建设、制服的管理办法；审核、汇总和下达财务收支和基本建设规划、年度计划；负责各种专项资金和物资的分配及管理；负责出入境检验检疫机构国有资产管理；负责机关财务管理。