辐鳍亚纲
辐鳍亚纲(Actinopterygii)
本亚纲之下三个次亚纲的划分只反映在辐鳍亚纲内的发展阶段，而并不是真正的系统分类。真正的分支系统关系远比这三次亚纲的划分复杂，但这样三个发展阶段的分类方法对于了解辐鳍鱼类的演化历史概况仍是非常有用的。
软骨硬鳞鱼次亚纲(Chondrostei)
这是硬骨鱼中最原始的类群，为中、小型的硬骨鱼。其特征是身披菱形厚而闪光的硬鳞，各鳞片间以关节相连；歪型尾，硬鳞覆盖到尾上叶末端；各鳍鳍条很多，单背鳍，常常后位；大眼睛；长口裂，上颌骨后端膨大；肩带有锁骨和胸骨；脊椎骨为软骨质。
本次亚纲最早的代表是发现于苏格兰中泥盆世和加拿大晚泥盆世的淡水相地层中的Cheirolepis Agassiz(鳕鳞鱼)它个体小，鳞片也细小。其他特征与次亚纲特征相同。
在泥盆纪时软骨硬鳞鱼类也呈现出多样性，石炭纪和二叠纪是此类发展的全盛时期，它们不仅在多样性方面获得了很大的发展，而且从淡水推进到海中生活。其重要的代表是Palaeoniscus Blainville(古鲟鱼)，此属是分布很广的海生软骨硬鳞鱼类，与泥盆纪的鳕鳞鱼相近，个体变大，鳞片也大而厚重。我国新疆吐鲁番和江苏镇江等地二叠系中均发现有此类化石。古鳕鱼是软骨硬鳞鱼类中最典型的代表，所以软骨硬鳞鱼类又叫做古鲟类。
Platysomus Agassiz(扁体鱼)是古生代晚期古鳕类的另一分支，海生。体形向扁高发展。口小。背鳍和臀鳍延长，在其前方呈角状。尾鳍深分叉而呈歪型。菱形的硬鳞变薄了。我国华南海相二叠系中常能发现其鳞片化石。浙江长兴晚二叠世长兴组中所产的Sinoplatysomus(中华扁体鱼)是我国目前所获的比较完整的本类化石。
到中生代，软骨硬鳞鱼类便衰落了，仅少数属种残存至今，我国甘肃玉门宽台山早白垩世下围惠铺群中的Sunolepis(孙氏鱼)是中生代晚期的古鳕类。我国的Acipenser(鲟)和非洲的Polypterus(多鳍鱼)即为此类之现生代表。
全骨鱼次亚纲(Holostei)
这是出现于晚二叠世并在中生代前期广布于世界各地，介于软骨硬鳞鱼类和真骨鱼类之间的鱼类，现今残存者极少，北美淡水中的Lepidosteus(鳞骨针)及Amia(弓鳍鱼)可为其代表。头骨已经骨化，尾鳍趋向正型。胸、腹鳍仅远端分节，背臀鳍部分分节，鳞片已表示出硬鳞向骨鳞的过渡性质。
Redfieldin Hay(雷氏鱼)，是软骨硬鳞鱼向全骨鱼类过渡的早期代表，它保留着许多软骨硬鳞鱼的特征，但尾鳍半歪型或近正型，各鳍鳍条数目减少，颌骨变短等方面已大大的进步了。
侏罗纪的Dapedius是全骨鱼类的典型代表，其特征是上颌骨变短，其后端膨大减少；尾表面上已是正型；鳞失去了中间的齿鳞层；鳍中骨质鳍条数明显地减少；脊椎骨的椎体骨化已发展了。
我国华北、华南晚侏罗世的地层中发现的Sinamia Stensiu(中华弓鳍鱼)是全骨鱼类另一类群的代表，体呈长梭形，稍侧扁，头长，背鳍基部相当长，臀鳍基部短，但鳍条长，各鳍均无棘鳍，菱形鳞片后缘下部有锯齿。
真骨鱼次亚纲(Teleostei)
最早出现于中三叠世，白垩纪时逐渐取代了全骨鱼，并且日益发展，至今整个硬骨鱼类的90%属于真骨鱼。它们的主要特征是头骨骨化，脊椎骨完全骨化。舌接型。鳞片几全为骨鳞——圆鳞和栉鳞。少数种类无鳞。有鳞者，呈叠瓦状排列。正型尾。胸鳍基鳍骨平行排列，无辐鳍，有皮质鳍条。
真骨鱼种类繁多，它们主要繁盛于新生代，中生代的化石甚少，因此它们的分支进化关系了解得很少。真骨鱼类最早可能起源于三叠纪，但是真正的化石记录只见于侏罗纪的晚期，从目前的材料来看，侏罗纪晚期种类已相当多了。德国巴伐利亚上侏罗统海相层中发现的Leptolepis Agassiz(薄鳞鱼)是真骨鱼类的著名早期代表，脊柱已经骨化了，骨质圆鳞，闪光层极薄。我国浙江东部上侏罗统的真骨鱼类化石丰富，种类也多，归入薄鳞鱼目的有Pingolepis Chang et Chou(秉氏鱼)；归入鲱形 Mesoclupea Ping et Yen(中鲚鱼)和Paraclupea Du(副鲚鱼)，它们均是淡水鱼。Mesoclupea的特征是体呈纺锤形，眼大，口有细齿，鳃盖骨长方形，胸鳍大而低位，腹鳍很小，背鳍短而后位，臀鳍基大。Paraclupea体呈短纺锤形，最大体高在背鳍起点处。圆鳞，有背、腹、尾棱鳞。胸鳍高，腹鳍小，背鳍基长，起点与腹鳍相对。臀鳍基短，尾鳍深叉。
我国华北晚侏罗世至白垩纪的鱼类化石也相当丰富，归入骨舌鱼目的Lycoptera Miiller(狼鳍鱼)是著名的代表，其特征是：体呈长梭形；头大，顶骨大；眼大，眶上骨一块；齿骨一块，向后加高；牙齿排列成行，大小近一致；前鳃盖骨的下枝较上枝宽大，下鳃盖骨颇小，鳃条骨纤细；椎体呈筒状，中部略收缩；胸鳍大，内侧有一粗大而不分节的鳍条。
新生代的真骨鱼类化石世界各地均有发现，我国南方下第三系中发现的归入鲈形目的Tungtingichthys Liu，Liu et Tang(洞庭鳜)是常见的重要化石，其特征是：体小至中等，长梭形；头较大，口端位；前鳃盖骨后缘有锯齿，背鳍条的棘鳍和分节鳍条连续；尾鳍浅叉形；古新世至始新世，江苏、湖南、湖北。
Leuciscus Cuvier(雅罗鱼)和Barbus Cuvier(鱼八鱼)是我国华北上第三系中的两种重要化石，它们都是骨鳔鱼目的代表，其特征是脊柱前端几个椎骨所发生的四对小骨，联系鳔的前端与内耳，有维持鱼体的平衡作用。