三域系统

三域系统是由Carl Woese在1990年提出的生物分类﹐将原核生物分成了两大类﹐起初称为真细菌(Eubacteria)和古细菌(Archaebacteria)。Woese依据16S rRNA序列上的差别﹐认为这两组生物和真核生物从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来﹐因此将三者各划为一类﹐作为比界高的分类系统，称作“域”(Domain)或者“总界”(Superkingdom)。目前这三域分别命名为细菌域(Bacteria)﹑古菌域(Archaea)和真核域(Eukarya)。

然而﹐RNA树有可能将进化太快的类群放错位置(比如微孢子虫)。有人认为生物的根应该在真细菌之内﹐很多真细菌的类群在古细菌之前分支出来﹐很晚古细菌和真核生物才彼此分开。

三域特征比较

特征 细菌(Bacteria) 古菌(Archaea) 真核生物(Eukarya)

形态和遗传

原核细胞结构 是 是 否

共价闭合环状DNA 是 是 否

组蛋白 无 有 有

被膜包围的核 无 无 有

细胞壁 含胞壁酸 不含胞壁酸 不含胞壁酸

膜脂质 酯键连接 醚键连接 酯键连接

核糖体大小 70S 70S 80S

起始tRNA 甲酰蛋氨酸 蛋氨酸 蛋氨酸

多数基因中有内含子 否 否 是

操纵子 有 有 无

mRNA加帽和聚A尾 无 无 有

质粒 有 有 稀少

核糖体对白喉毒素敏感 否 是 是

RNA聚合酶 1个（4亚基） 几个(各8~12亚基） 3个（各12~14亚基）

需要转录因子 否 是 是

启动子结构 -10和-35序列 TATA框 TATA框

生理

产甲烷作用 无 有 无

硝化 有 无 无

脱氮 有 有 无

固氮 有 有 无

基于叶绿素的光合作用 有 无 有（在叶绿体中）

基于视紫红质的能量代谢 有 有 无

化能无机营养（Fe, S, H2） 有 有 无

气泡 有 有 无

聚-β-羟基脂肪酸作为碳储存颗粒 有 有 无

在80℃以上生长 有 有 无