１９５０年，一批效忠荷兰殖民主义者的安汶人组建了“南马鲁古共和国”，试图同新生的印尼共和国对抗，被镇压后又在荷兰继续开展活动。１９９８年，印尼苏哈托政权垮台后，马鲁古地区的穆斯林和基督教徒陷入了长达３年的教派冲突，分裂分子也趁乱积极活动。在中央政府调解下，马鲁古敌对双方今年年初达成和解协议，整个地区的局势逐渐走向平稳。