瘟疫论
吴有性于崇祯十五年(1642)撰成《温疫论》，据《四库全书总目》载，《瘟疫论》2卷，补遗1卷，版本主要有清初刻本、四库全书本等。上卷载论文50篇，阐述瘟疫之病因、病机、证候、治疗，并从多方面论述温疫与伤寒的不同。下卷载文36篇，着重论述温疫的兼证，有数篇论述温疫名实和疫疬证治。
吴氏认为瘟疫之因，为无形之“戾气”，从口鼻侵入人体。戾气有多种，各有“特适”性和“偏中”性，即不同戾气具有侵犯一定脏器的特异性，人或动物对某种戾气也具有不同感受性。提出“能知以物制气，一病只有一药之到病已”的原则。把戾气侵入途径分为“自天受”(空气传染)和“传染受”(接触传染)，既可形成流行之疫，也可出现散发之疫。提出“达原”、“三消”等治法。
吴氏创论外感瘟疫病因及传受途径，实开我国传染病学之先河，对后世戴天章等有很大影响。清代叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英等温病学家并未按吴氏的思路继续探索，而返回中医传统思维方法中，使吴氏民气说未能得到充分发展。
我国第一部传染病专著传染病对人类的危害很大，它在一定的外界环境条件下可以在人群中传播，造成流行。传染病流行时，发病迅速，症状剧烈，波及人数多，影响范围大，严重危害广大人民的生命健康。我国古代的传染病不断流行，使大批人员死亡。特别明清两代更是大量发生。据有人统计，明代276年间发生了传染病大流行64次，而清代266年间发生了74次，可见传染病流行之频繁。我国历代医家对传染病的防治十分重视。如《黄帝内经》、《伤寒论》、《诸病源候论》、《干金方》、《外台秘要》等著名医著中都有防治传染病的经验的记载，但这些记载都不系统。我国第一部治疗急性传染病的专门著作是清代吴有性所作的《温疫论》。
吴有性，字又可，是明末姑苏(今江苏吴县)人。吴有性所处的时代，正是传染病大流行的时候。明末公元1641年，正当吴有性49岁的时候，当时传染病遍及山东、浙江、河南、河北等地。这时许多医生找不到新的治疗办法，以致治疗效果很差。吴有性亲眼目睹当时一些传染病流行地区一巷百余家、无一家；一门数十口，无一口仅存者的惨景，刻苦钻研医学道理，不顾自己安危，深入到传染病流行区，进行医疗实践，通过对当时流行的传染病的详细研究，结合他自己丰富的治疗经验，并进行分析、总结，终于在祟祯15年(公元1642年)写成了《温疫论》。
《温疫论》一书提出了当时对传染病的称呼疫病的病因是非其时而有其气。《温疫论》认为伤寒等病是由于感受天地之常气而致病，而疫病则是感天地之疫气致病。《温疫论》将瘟疫与其他热性病区别开来，从而使传染病病因突破了前人六气学说的束缚。《温疫论》在我国第一次建立了以机体抗病功能不良，感染戾气为发病原因的新论点。
《温疫论》指出戾气的传染途径是通过空气与接触，由口鼻进入而致病。《温疫论》中还指出戾气有特异性，只有某一特异的戾气才引起相应的传染病。该书还认为疗疮、发背等外科病是由于杂气感染，而不是由于火。《温疫论》首次把外科感染疫病与传染病的病因划入同一范畴。
《温疫论》也十分重视机体抵抗力的重要性。该书认为：正气充满，邪不可入，机体抵抗力强，则虽有接触传染的可能，但不大会发病。假如本气适逢亏欠，呼吸之间，外邪因而乘之，机体抵抗力减低，又受到传染，则可以发病。
《温疫论》还提出了传染病的传染途径是有天受，有传染。天受就是空气传染，传染就是接触传染。所以书中注明凡人口鼻通乎天气呼吸之间，外邪因而乘之。《温疫论》认为传染病流行形式可以是大流行，也可以是散发的。
《温疫论》在传染病的病源、病因以及免疫性、流行性的大量论述都十分科学。尤其在17世纪中叶细菌学出现之前，《温疫论》提出了：夫温疫之为病，非风非寒，非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感，这种异气即戾气。这种学说是十分先进的。《温疫论》对温疫的免疫性的论述也确是十分令人敬佩。书中说：至于无形之气，偏中于动物者，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟；鸭瘟，岂但人疫而已哉?然牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病，究其所伤不同，因其气各异。真是一段绝妙的阐述。
《温度论》记载了不少治疗传染病的新方法。如书中认为传染病初起宜用达原饮，等到病深；些，即所谓邪毒犯胃时，即不厌急证急攻。这些方法都为后世传染病的治疗奠定了基础。
《温疫论》对后世的影响很大，清代一些著名医家如戴北山、杨栗山、刘松峰、叶天士、吴鞠通等，都或多或少地在《温疫论》的基础上有所发挥，有所创造。我国历代医家在与传染病斗争的实践中创造了温病学说。温病学说，渊源于《内经》，孕育于《伤寒论》，产生于金元，成熟于明清。在温病学说的发展过程中，《温疫论》作为我国第一部治疗传染病的专著的贡献是很大的。直至今天，我国应用温病学说的理、法、方、药治疗一些传染病，如流行性乙型脑炎、流行性感冒、麻疹、猩红热、痢疾等，取得了很高的疗效。而其中很多地方就是继承和发扬了《温疫论》的理论和经验。