有些宝石是来自于「含有有机材料」，称为「有机宝石」，皆由动物、植物、生物所衍生的。例如：珍珠（来自贝壳），珊瑚（来自珊瑚虫骸骨遗物所形成），琥珀（来自树脂的化石），煤玉（来自木材的化石），象牙（又分现代象和猛玛象），砗磲（来自海螺的化石），龟甲（来自海龟的壳），动物的化石等。
有机珍宝，如珍珠、珊瑚、琥珀、煤玉、象牙、砗磲等皆来自于有生命、生物的材料。
