树木园是北京市植物园内最大的专类园，占地44.9公顷。
树木园分为银杏松柏区、木兰小檗区、泡桐白蜡区、槭树蔷薇区、椴树杨柳区、悬铃木麻栎区等六个分区。目前已定植 400余种近万株树木。这里有大片的缓坡草坪和引自全国各地的园林植物以及来自异国他乡的海棠、樱花和松柏、枫树等，是植物园中的一片“世外桃源”。