该方法根据阵列合成的要求设计并制作表面凹凸不平的分子印章，再按照合成的顺序，将寡核苷酸合成试剂涂布在不同的印章上，逐个依次压印到芯片特定位点进行合成反应。合成的后续反应与压电打印类似。分子印章法不仅可用于制备原位合成芯片，还可用于DNA微集阵列的制作。