文昌鱼与鱼类具有许多共同特征，如脊索、神经索、鳃裂、肛门后尾部、肝门脉系统、内柱(与甲状腺同源)等，但不具有鱼类之脊椎骨、软骨或其它骨骼构造，亦无明显之头部，所以不是鱼类，文昌鱼分类上属于脊索动物门之头索动物亚门，鱼类则属于脊椎动物亚门。