黄素酶或黄素蛋白的种类很多如琥珀酸脱氢酶、脂酰CoA脱氢酶等，其辅基只有两种：FAD（黄素腺嘌呤二核苷酸）、FMN（黄素单核苷酸）。两者均含核黄素（维生素B2）。FAD、FMN中的异咯嗪部分可进行可逆的加氢和脱氢反应，故也是递氢体，每次可接受两个氢原子即FADH2。