澎湖岛与台湾岛之间为澎湖水道，南北长约65千米，宽约46千米，为地壳断裂形成的峡谷，水深由北部70米向南渐深至160米；再往南延伸，水深达1000余米，为海峡最深处，连通南海海盆。澎湖水道为台湾岛西岸南北之间和台澎之间连系的必经通道。另一峡谷为八罩水道，东西走向，宽约10千米，水深70余米，分澎湖列岛为南北两群,为通过澎湖列岛的常用通道。