深圳市地铁有限公司
深圳市地铁有限公司成立于1998年7月，为深圳市国有资产管理委员会授权经营的国有独资大型企业，是承担深圳市城市轨道交通投融资、建设、运营以及国有资产保值增值的独立法人实体，目前正承担着深圳地铁一期工程的建设。
深圳地铁一期工程是深圳市建市以来投资最大的国家重点工程，也是备受社会各界关注的民心工程。工程于1998年5月获国务院批准立项，1999年10月工程初步设计通过评审。地铁一期工程由1号线东段和4号线南段组成，1号线东段以与香港相连的罗湖口岸为起点，经繁华的市中心国贸、老街、大剧院、科学馆、华强路、岗厦、会展中心、购物公园、香蜜湖、车公庙、竹子林、侨城东、华侨城到世界之窗；4号线南段以皇岗口岸为起点，经福民站、会展中心、市民中心到少年宫。线路全长21.8公里，共设20个车站，总投资115.53亿元。在市委、市政府和市地铁工程建设指挥部的领导下，在所有地铁建设者的共同努力下，一期工程于2001年3月全线动工，2004年12月28日建成通车。
深圳市地铁有限公司承担着深圳地铁一期工程及1号线续建工程、2号线以及5号线工程的建设、运营、资源、物业开发等重任。公司成立于1998年7月31日，注册资本10亿元人民币。公司总部负责整个公司的管理和地铁建设，下属1号线建设分公司、2号线建设分公司、5号线建设分公司、运营分公司、资源开发分公司、物业管理公司。公司还有两个参股企业深圳通公司和地铁远为房地产公司。其中深圳通公司经营深圳通卡业务，地铁远为房地产公司负责地铁老街站上盖物业的建设和经营。
深圳地铁一期工程工程于1998年5月获国务院批准立项，1999年10月工程初步设计通过评审。2002年4月，地铁一期工程延长段通过初步设计评审。深圳地铁一期工程是深圳市第一个国家重点工程，也是深圳建市以来投资最大的市政重大工程。
深圳地铁一期工程主要由两部分组成：一号线东段和四号线南段。线路全长21.866公里，总投资115.5亿元人民币，已于2004年建成试运行。主要工程包括：一号线东段：包括罗湖、国贸、老街、大剧院、科学馆、华强路、岗厦、会展中心（1、4号线换乘站）、购物公园、香蜜湖、车公庙、竹子林、侨城东、华侨城和世界之窗共15个车站。线路自罗湖火车站站前广场起向北沿人民南路经国贸到解放路转向西沿解放路、深南中路至福田路后向西南转到福华路，沿福华路向西至新洲路转向深南大道，经香蜜湖、车公庙、竹子林、侨城东、华侨城至世界之窗止，线路全长17.119双正线公里。
四号线南段：包括皇岗、福民、会展中心（1、4号线换乘站）、市民中心和少年宫5个车站。线路自皇岗（福田口岸）起，穿广深高速公路桥后向北沿金田南路至滨河大道转向中心二路，在会展中心站与1号线立交换乘,然后再沿规划的鹏城一路至少年宫止，线路全长4.479双正线公里。
2004年12月28日，深圳实现了地铁一期工程“如期、安全、顺利、高水平、高质量开通”的目标，运营分公司开通第一列运营车辆，以崭新的风貌迎接乘客，服务大众。 开通至今，在不到三年的时间内，地铁运营实现了六次“提速”，一号线行车间隔由开通初期的15分钟压缩为高峰期5分钟，四号线行车间隔由17分钟压缩至10分种，使深圳地铁运营水平有了显著提高，更方便了广大市民的出行。
深圳地铁1号线续建工程由世界之窗站后至深圳机场，全长23.742km，共设车站15座。工程采取分期分段建设，首先建设世界之窗站后至西乡段，即白石洲站、高新园站、深大站、桃园站、大新站、前海站、鲤鱼门站、新安站、宝安中心站、宝体公园站、坪洲站、西乡站，共分为7个土建标段以及车辆段工程。目前所有标段已进入主体施工阶段，计划在2009年底建成通车。
根据深圳市城市轨道交通近期建设规划，地铁2号线首期段从蛇口客运港至世界之窗，全长13.4公里，全部为地下线，沿途经过蛇口客运港、海上世界、南水路、东港路、招商东路、工业八路、登良路、南山商业中心、科技园、沙河东路、世界之窗１１个站点。2号线是连接城市中心区与蛇口南山半岛经济开发区的纽带，是特区内东西向交通走廊内第二条客运干线，沿途经过蛇口半岛、后海开发区、南山商业文化中心和深圳湾填海区，连接了上述片区主要的居住区和商业文化密集区，解决南山组团与福田、罗湖二级客运走廊的客运需求。地铁2 号线建成后在世界之窗站与1号线实现换乘，将直接为300万以上的市民提供安全便捷的交通服务，有效缓解南山区的交通压力。
地铁5号线属深圳市近期规划建设的轨道交通干线，对于构成近中期线网骨架、缓解交通压力、确保2011年第26届世界大学生夏季运动会的成功举办具有重要作用。5号线由深圳市地铁有限公司负责承建，西起前海湾，经宝安中心、新安旧城区、西丽、大学城、龙华二线扩展区、坂田、布吉、东门至大剧院。线路全长42.4km，其中高架线路3.6km，地下线路38.5km，地面线路0.28km；共设车站29座，其中高架站2座，地下站27座。5号线与轨道交通1、2、3、4、6、7、8、10、15、16号线、西部城际线、东部城际线、广深港高速铁路、厦深高速铁路等14条轨道交通或铁路交叉换乘，形成前海湾、宝安中心、灵芝公园、西丽、龙华、五和、布吉、太安路、黄贝岭、文锦路、东门路、大剧院12座换乘站，其中综合换乘枢纽站4座。新建塘朗车辆段、停车场各1处。
2009年4月28日，深圳地铁公司举行了深圳地铁集团成立暨市政设计院划转揭牌仪式，自此，深圳市地铁有限公司正式更名为深圳市地铁集团有限公司，同时原市政设计院划转至地铁集团旗下管理。