在生态系统机能运转过程中，除了运转的物质和能量之外，还有一部分属于贮存的物质和能量，包括生产者自身的一部分碳素，如湖沼填平过程中的水生植物，经过长期矿化作用形成为泥炭；有的生物残体还转化成化石燃料——石油和煤；有的则注入大海形成沉积物，它们都暂时地离开了生态系统的循环而贮存起来。贮存库一般属于非生物成分，库容量很大，活动缓慢。