旗籍清吏司清朝中央理藩院下设的机构。设郎中 3人（满 1人、蒙 2人）、员外郎 4人（宗室 1人，满 1人，蒙 2人），主事满 1人，笔帖式15人（满 5人，蒙10人），经承 2人，帖写书吏 2人。掌管“内扎萨克”（即内蒙古所属，包括24个部落，49个旗）划定疆界、封爵、会盟、驿递、军旅等事，以及归化城土默特部和达呼尔三旗任免引见事。