清官署名。柔远清吏司是清朝中央理藩院下设的机构。设郎中宗室1人，员外郎 7人（满 2人，蒙 5人），主事蒙 1人，笔帖式11人（满 2人，蒙 9人）、经承 1人。分掌外扎萨克及喇嘛俸禄、朝贡之事。
光绪朝《钦定大清会典》和《清会典事例》规定更为详细。理藩院 《钦定大清会典》规定，理藩院设柔远清吏司、徕远清吏司，柔远清吏司“掌外扎萨克喇嘛禄廪朝贡之事”。