微观进化
微观进化指几代种群中基因频率小范围的变化（群体遗传学是生物学的一个分枝，它为微观进化过程的研究提供数学结构）。
宏观进化研究如下一些问题：
为什么主要的动物群突然出现在化石纪录中（通常所说的寒武纪生命大爆炸）？
相似地，为什么在化石纪录中存在丢失的环节，为什么过渡物种缺乏化石？
为什么没有新的主要的生物群长时间的出现在化石纪录中？
为什么进化明显地突然出现，并且许多物种长期停滞，几乎没有进化？
什么导致物种形成？
进化是否事实当前科学界一个争论的课题是，进化论是否一个已被证明的科学事实。因为一百二十年来的新发现中，支持进化论假设的证据甚少，而与之矛盾的却极多。进化论的维护者高特（Gould）有一篇著名文章〈进化是事实与理论〉，论证进化为事实，不只是理论。本文特此分析一下其论辩的理据如何。
高特定义事实是“世上的资料”，理论是“意志的结构”，认为苹果掉下地是事实，牛顿或爱因斯坦的解释是理论。这定义并不错，但他却类比的认为“人从类人猿的祖先进化出来，也是事实。”
这类比被学者批判为虚妄的推论。苹果掉下地，确是可直接观察到的资料，但“人由类人猿进化出来”不是同样的资料。后者从来没有直接观察到。唯一可观察的，是人与猿在身体的一些地方相似，但这相似并不构成人是由类人猿为祖先的证据。如果我们见到两间相似的屋，不能因相似就证明其间有进化关系。
从微观进化至宏观进化的论证
高特又提出三个证据，一是“微观进化”的事实。这点本是常识，人人都同意，但不能因同种生物有微观进化，就可推出不同生物之间有“宏观进化”。对进化论的争论，是针对宏观进化，将之混淆微观进化，是瞒天过海。
微观进化（micro─evolution）指同一种类生物在适应环境时，能转化其形态，而产生新品种。这种进化有证据支持，故没有人反对，连最保守的创造论者也不会反对。但宏观进化（macro-evolution）则是一理论，认为生物可从一些种类进化为另一种类，所有生物均来自原初单细胞生物，而后不断进化和分化，产生较高等的动植物。这理论假设无生命可产生生命，及生物可由一类进化为另一类，从来就没有一个可观察或实验证实的证据。
很不幸地，近期发现所谓寒武纪大爆炸（Cambrianexplosion）。在五亿三千万年前地层上，有复杂的动物化石突然同时在海中出现。它们之前无任何进化迹象，高特也承认是“谜中之谜”（enigmaofallenigmas），因而要提出全新的大跃进观念去解释进化。然而高特的标衡论（punctuatedequilibria）不能通过实验证明，在1978年及1981年两个尝试都不能支持其说，芝加哥大学的Schopf有详细报告，结论是标衡论已被质疑。
自然不完美的论证
高特说老鼠、蝙蝠、海豚和人的肢体，均由同样骨骼构成，因是从同一远祖遗传而来。这所谓“证据”确令人摸不著头脑。“生物的骨骼相似”，如何推出“生物有同一祖先”来？两命题之间并无任何逻辑关系。同一祖先的假设，可以是骨骼相似的充分条件，但不是其必要条件。下雨可以地湿，不等于地湿来自下雨。高特连初级逻辑规律也过不了。
高特又花很多篇章去讨论生物的不完美性，推论其不可能由设计而来。他对科学设计的理论并不熟悉，只是根据生物不来自类似人类科学的设计，就证明进化是事实。这是混淆逻辑上的假然推理，为一种伪证。
化石证据与进化矛盾
高特的第三个证据是所谓化石证据。这偏偏正是对进化论最不利的证据。除了寒武纪的化石突然大批出现，对渐进进化论是致命的反证外，而已经是很少数量的“中间生物”化石，亦纷纷被质疑是否真的为不同种生物的连结环。
达尔文是具谦卑科学精神的科学家。他在《物种原始》一书中，论到化石证据，其标题是“不完满的地质记录”。对于进化中各生物由一种变为另一种的过程，认为必须有“中间连结”的生物。但他承认在当时地质学上没有证据显示有这些中间连结生物。他指出“这可能是最明确而又厉害反对进化论的理由。”然而当时进化论者相信将来可找到这些化石。
经过一百二十年后，人类搜集了数以万吨计的化石，但并无支持进化的化石证据。主持芝加哥FieldMuseumofNaturalHistory的Raup指出，该博物馆搜集了已知化石物种的五分之一，但结论是比达尔文时代更缺少进化的中间生物例子。Raup也是进化论者，但不得不放弃适者生存之说，而改用幸运者生存之说。
过去有关中间生物的证据，如一种被称为甲状虫（onychophorans）的化石，原被认为是节肢动物（arthropod）与环节虫（annelid）之间的连结环。但在寒武纪发现，甲状虫与其祖先节肢动物三叶虫（trilobitas）却同时存在，故只能假设为各有不同的祖先，而失中间连结环地位。
进化论者喜欢拿来作为中间生物的证据，如始祖鸟，其被判定为拥有爬虫特征，如爪及牙齿，在如今的飞鸟中也被找到，如南美洲的opisthoorgnshoatzin及非洲的touracocorythaix。一些科学家已认为这是一种飞鸟，而不能视为鸟与爬虫之间的生物。事实上Jensen在1977年的ScienceNews上，已指出在始祖鸟同一岩石上发现飞鸟股骨的化石。又1991年10月中国报导，在辽宁出土的飞鸟化石，年代亦与始祖鸟差不多相同，1995年10月号ScienceNews亦有报导。那么始祖鸟与鸟是同时代的生物，于是即失去其“始祖”的中间连结环地位。
此外，被认为界于人与猿之间的远古中间生物，如拉玛腊猿（Ramapithecus），其特征在牙齿结构近人类，没有猩猩的大门齿和犬齿，但嘴型又较人的长窄，被认为具有猩猩与人的特征，故是一种中间生物。但问题是具有这些特征并不能逻辑地推论出是猿和人的中间生物，除非先假设了进化论去解释。但这就只是一种循环论证，而不成为进化的证据。如今一种名为Theropithecusglada的狒狒，具有拉玛腊猿的同样牙齿和面孔特征，却不外是一种狒狒，并非中间生物。
至于被认为是人类始祖的类人猿，南方古猿（Australopithecus），因其脑容量较年幼猩猩大，又无年长猩猩的骨脊，且牙齿结构较像人，因而被判断为半人半猿的中间连结环。但当大量南方古猿化石出土时，却在Olduvai峡谷找到同一地层的直立猿人，理应是较后的进化生物，竟与其祖先同时出现。
更奇的，是1972年在肯亚北挖出一头颅碎骨，称为KNM-ER-1470，比直立猿人进步，是人属（GenusHomo），但却在二百九十万年前，比其祖先直立猿人早二百万年，与更远祖先南方古猿同时，于是南方古猿即失其祖先地位。
十九世纪末在加州Table Mountain发现一头骨，在地下一百八十尺的岩浆层以下，属九百万到五千万年前的地层。其后又发现一人的颚骨，同样久远，比任何所谓人类祖先更早几百万到几千万年。那些类人猿始祖地位又如何能建立？
由于以上种种证据的被抵消，进化论到目前为止，仍未能提出任何可靠证据能自称为事实。一百多年来，反证多于证据，进化论仍只是一理论假设。人类与生物何以在宇宙中出现，对人的智慧来说，始终是一个玄之又玄的奥秘。