中世末期，净本真宗本愿寺派的寺院境内，所构成的发达聚落。本愿寺门徒为了与其他宗徒、或领主竞争，多在寺院周围挖壕沟、筑土居(以泥土所构筑的土垒)，以保卫信徒僧侣，进而形成一种特殊形态的聚落。坐落于大的石山本愿寺，可谓是寺内町的原型，其他如越前吉崎、越中井波、和泉贝冢等也极其闻名。