甲藻又称“双鞭甲藻”，是一类单细胞具有双鞭毛的集合群。
甲藻的形状有球状、丝状不定形和变形虫状等。
甲藻的细胞壁由纤维素组成，细胞含有叶绿素a和c，叶黄质和β-胡萝卜素。
甲藻常分布于淡水和海水中，有些甲藻的活动是有害的，它们的生存会带有一些特殊的气味。有的则可以形成“红潮”和“藻花”，使局部海水呈现红色、黄色或棕色。
甲藻的运动细胞有两条顶生或侧生鞭毛，其中一条是茸鞭型，另一条是尾鞭型。