督办台湾抚垦大臣为1886年台湾建省後，主管台湾原住民与「番地」开垦的最高主官。而其目的则是为了贯彻「招抚生番、清除内患、垦殖番地、扩张疆域」之政策所设置，原则上也是抚垦局之主管。
督办抚垦大臣为首任台湾巡抚刘铭传所设，事实上，他亦兼任该职务，辖下则有帮办台湾抚垦大臣。1895年，台湾遭清朝割让给日本後，该官职予以废除。
历任
刘铭传
沈应奎
邵友濂
唐景崧