本堂瑛祐
本堂瑛祐是本堂英海（化名：水无怜奈）（KIR）的弟弟，为寻找姐姐而转学至帝丹高中，与毛利兰和铃木园子同班。最后，瑛祐发现姐姐真正身份，更立志跟随姐姐与父亲的脚步，加入美国中央情报局（Central Intelligence Agency）工作。
瑛祐对兰一见钟情，并一早怀疑柯南=新一，最后以“激将法”令柯南不打自招。
个人介绍
姓名：本堂瑛佑
年龄：17（因与小兰是同学，实际不详）
生日：不详
血型：原本是O型[File587]，但因为白血病，移植了姐姐的骨髓以后变成了AB型
声优：野田 顺子
相貌：酷似水无怜奈
性格：貌似迷迷糊糊，其实深藏不露
就读：帝丹高中
身份：帝丹高中2年B组，转校生
愿望：成为像姐姐一样的CIA
初登场：漫画49卷FILE.8 回不去的两人
TV：429话
外界评价：
小兰：那个孩子（……）
柯南：这家伙还挺棘手……
圆子：这个令人扫兴的戴眼镜的小孩……
事件前一晚，赤井匆匆离开水无的病房，装成参加紧急会议的样子，故意制造机会让本堂接近、并叫醒了水无怜奈。然后，柯南突然出现，讲述了本堂因为白血病的手术，血型从O型变成了AB型的事情。随后，挑明了水无是CIA的事实。
水无和本堂的父亲，作为CIA的NOC(Non Official Cover,指伪装成普通人潜入其他国家进行活动的密谍报人员、没有外交身份掩护的情报人员，也就是间谍术语中常说的illegal)先后潜入黑衣组织。但是，由于水无的失误，两人秘密接头的事情败露了。本堂的父亲为了洗清水无是CIA的NOC的嫌疑，牺牲了自己。而水无之前接触毛利小五郎，是希望小五郎能够保护瑛佑。
本堂身上的一切谜团慢慢解开了...赤井和柯南却向水无提出了让她重新回归组织的请求，但水无提出FBI要给瑛佑申请证人保护计划，而且，她潜入组织不光为FBI，也为CIA，她必须完成父亲的遗志……
出场集数
tv
429 再也回不来的二人（前篇）
430 再也回不来的二人（后篇）
446 被封印的西式窗户（前篇）
447 被封印的西式窗户（后篇）
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑组织之星 珍珠流星
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
497 红与黑的碰撞 觉醒
500 红与黑的碰撞 遗言
507 卡拉OK厅包房的死角(前篇)
508 卡拉OK厅包房的死角(后篇)
漫画
file508-510(Vol.49)
file530-532(Vol.51)
file550-553(Vol.53)
file554-555(Vol.54)
file585-586（Vol.56)
file587-590（Vol.57）
file599
file604（Vol.58）
file619-621
单行本
V49 F8 回不去的两人 F9 被密封的汽车 F10 虚假的爱情
V51 F9 打不开的窗 F10 制造密室 F11 魔鬼的出入口
V53 F7 目击者仅一人 F8 钉子和蛇 F9 锤子的真相 F10 不可思议的打工
V54 F1 晚餐的菜单 F2 做梦的星星 F3 侦探团的雪人(开头)
V56 F7 来自西方的线索（开头） F9 公司（结尾）F10 打错的电话?! F11 血型叙述的真相
V57 F1 母亲的遗物 F2 召唤死亡的单只手套 F3 来自黄泉的杀人者 F4 悲哀的手套 F5 恶魔来临...（开头）F9 乌鸦之歌（开头）F10 第二条线（被提到）
V58 F2 赤井的过去 F7 姊弟 F8 意外的嫌疑人（提到）