水生微型动物是指生活在水中的微小动物。包括原生动物、轮虫、线虫、腹毛虫、寡毛类、甲壳类、水螨、水熊等。在工业废水的生物处理中，有的微型动物对处理效果有指示作用。如纤毛虫和轮虫数量占优势，表明处理效果较好，鞭毛虫和根足虫大量出现，则指示处理效果下降。由于微型动物取材方便，反应敏感，往往被用作监测污染的指示生物，可利用其群落结构的变化来评价水体质量。