将两个不相邻的DNA片段重组在一起的PCR称为重组PCR。其基本原理是将突变碱基、插入或缺失片段、或一种物质的几个基因片段设计在引物中，先分段对模板扩增，除去多余的引物后，将产物混合，再用一对引物对其进行PCR扩增。所得到的产物是一重组合的DNA。