元军征日
蒙古帝国兴起后，以忽必烈为首领的一支在东亚地区迅速扩张，并将都城迁至大都（今北京）。在1268、1269、1271年，忽必烈三次遣使要求日本朝贡，但均被幕府拒绝。1271年，忽必烈定国号为元，在加紧攻击南宋的同时，集结兵力进攻日本。1274年10月，3万元军乘900艘战船，从朝鲜半岛南端出发，占领对马岛后在北九州登陆。元军采用集团作战方式，并有火器助威，以骑射为主的日本军队苦战，不断败退。日落时元军回船休息，但当晚暴风雨交加，多数兵船沉没，元军损失惨重，被迫退回朝鲜半岛。因为此战发生在文永年间，史称“文永之役”。1275年元朝再次派使节到日本要求臣服，幕府执权斩来使，并命令京都以西御家人、非御家人、寺院、贵族等均由各国守护率领，加强备战。这些措施也强化了幕府对全国的统治基础。1279年，元灭南宋后，忽必烈再次筹划远征日本。1281年，元军分东、南两路进攻日本。5月，4万东路元军从朝鲜半岛出发，经对马岛攻入北九州的博多湾，但日本军队防守严密，未能登陆。7月，从大陆宁波出发的10万元军出现在北九州海面，两路大军合流，准备发动总攻击。此时遭到大型台风袭击，元军4000艘船只沉没大半，元军损失四分之三，被迫又一次败退。因为此次战役发生在弘安年间，所以史称“弘安之役”。
尽管元军征日未能成功，两次战役但对镰仓幕府产生重大影响，首先是加强了幕府的专制统治。早在北条时赖执政末期，集体协商制度就遭到破坏，时常由北条家族嫡系决定重要事项。1268年任幕府执权的北条时宗进一步发展了北条家族专制的趋势，以防御蒙古来犯为借口，不仅评定众、引付众的多数成员为北条家族成员，而且各国的守护职务也多更换为北条家族人士。在镰仓幕府初期，担任守护职务的北条家族成员只有两名，到元军第二次败退后的1285年增加到33名，占全部60名守护的半数以上。到镰仓幕府末期，进一步增加到38名；另外在1185年，将北九州的“镇西奉行”改为“镇西探题”，由北条家族成员担任，其职责为统帅九州地区的御家人以及该地区的行政、司法事务。时宗这种任人唯亲的做法使御家人发生分裂，其死后曾一度发生内讧，因而削弱了幕府的统治基础。另一方面，抗元战争后镰仓幕府没有土地或财力赏赐那些有战功的御家人，破坏了由“奉公”而得到“恩赏”的幕府与御家人关系基础，加剧了御家人对幕府的不满情绪。更为重要的是，御家人为弥补战争给自己造成的经济损失，并恢复自己的经济实力，在加紧侵占公有领地的同时，那些担任地头的御家人进一步拒绝向领主交纳赋税，并蚕食庄园土地。这种行为不仅使统治阶级内部产生对立，也加剧了领主及地头与农民之间的阶级矛盾。因为领主与地头均加重了对农民的剥夺，导致许多庄园农民被迫铤而走险，沦为强盗，时称“恶党”运动。更多的御家人却因战争负担而穷困没落，开始将自己拥有的少量土地典当给高利贷者或出卖。幕府为维持其政治军事体制曾禁止御家人出卖或典当土地，难以取得实效后又在1297年颁布《德政令》，命令商人归还购买或典当的御家人土地，但引起了经济混乱以及商人的不满，不得不很快将其取消。
进入14世纪以后，幕政更为混乱。14岁继任执权的北条高时热衷于歌舞与斗狗，不理政事，大权旁落。1322年，奥州豪族安东氏因领地与其他家族发生纠纷，上诉幕府以求解决，独揽幕府大权的内管领（首席家臣）长崎高资收受双方贿赂，故意久而不决，结果导致安东家族叛乱。尽管其叛乱被镇压下去，但幕府的权威一落千丈。