同功器官（analogous organ）指在功能上相同，有时形状也相似，但其来源与基本结构均不同。例如蝶冀与鸟冀均为飞翔器官，但蝶冀是膜状结构，由皮肤扩展形成，而鸟冀是脊椎动物前肢形成，内有骨骼外有羽毛。又如鱼腮与陆栖脊椎动物的肺，均为呼吸器官，但鱼腮腮丝来自外胚层，而肺来自内胚层。