莫曲发源于杂多县西北部海拔5550米的扎那日根山，西北流77公里，纳鄂曲后，北流进入治多县，接纳支流洛德玛昌茸曲后进入峡谷，8公里后出峡经索加乡政府驻地又北流约44公里汇入通天河。莫曲全长约146公里，流域面积8654平方公里，年平均降水量420毫米，年平均流量约37立方米/秒，年平均径流量约12亿立方米，水量为通天河上段诸支流之冠。