持世救偏
明清之际，以黄宗羲、顾炎武、王夫之为代表的思想家，批评“以明心见性之空言取代修己治人之实学”的理学末流，倡导经世致用的思想学术，由此形成了当时的启蒙思潮。但这些思想家的重要思想并没有在社会上激起应有的回响，相反，随着清朝统治的巩固以及文化专制政策的推行，取而代之的是乾嘉考据学。章学诚作为乾嘉时期著名的学者，既反对考据学的脱离实际，亦不满宋学的空疏，于是重新提倡经世致用的治学风尚。他说：“所贵君子之学术，为能持世而救偏。”这充分显示出他的卓越之处。
章学诚在致钱大昕的书札中说：“世俗风尚，必有所偏，达人显贵之所主持，聪明才智之所奔赴，其中流弊必不在小。载笔之士不思救挽，无为贵著述矣。苟欲有所救挽，则必逆于时趋。”他看到了当时学风的弊端，尤其是众所共趋的考据学，已脱离了社会现实，所以要“逆于时趋”，而挽救学术。对于当时的学风，他在《文史通义·原学下》篇有一个评价：“学博者长于考索，岂非道中之实积，而骛于博者，终身敝精劳神以殉之，不知博之何所取也。才雄者健于属文，岂非道体之发挥，而擅于文者，终身苦心焦思以构之，不思文之何所用也。言义理者似能思矣，而不知义理虚悬而无薄，则义理亦无当于道矣。此皆知其然，而不知所以然也。”学问、文辞、义理三者被割裂开来，学问渊博者不知博之何所取，文辞敏捷者不知文之何所用，言义理者又陷入空而无当之境，牵强附会，由此导致了学风的不正。基于上述认识，章学诚倡导学术研究不能趋于时俗，而应“持世救偏”，诚如《文史通义·说林》所云：“风尚所趋，必有所弊，君子立言以救弊，归之中正而已矣。”
章学诚对汉学的批评是十分明显的，他认为考证之风“征实过多，发挥过少，有如蚕食叶而不能抽丝”，如果做学问仅仅停留在考据上，那是“但知聚铜，不解铸釜”。对于宋学，章学诚同样持批评态度。他指出宋儒之学“以‘道’名学，而外轻经济事功，内轻学问文章，则守陋自是，枵腹空谈性天，无怪通儒耻言宋学矣”。宋学舍弃了“学问文章”，专事性命空谈，不免陷于学术末流。值得注意的是，尽管章学诚对汉宋之学都加以批评，但他不是对汉学与宋学全盘否定，而是否定中又有所肯定。例如他批评汉学不遗余力，然而又认为汉学也有可取之处，“义理必须探索，名数必须考订”。宋学亦然，它既有空疏而为通儒所耻的缺点，但“《五子遗书》，诸家语录，其中精言名理，可以补经传之缺”，故“讲求文辞，亦不宜略去宋学”。章学诚能以一种客观公允的态度对待学术，实属难能可贵。
在学术大旨上，章学诚提出了“言性命者必究于史”的命题。“言性命者必究于史”是章学诚对浙东学术的一个总概括，亦反映了他本人的学术追求。章学诚并不反对“天人性命之学”，但认为不能“空言义理以为功”，而应将性命之学落到实处，与现实人事结合起来。所以，他平时致力于史学研究，将性命之学归于史学。这与他“六经皆史”的主张是一致的，即经学与史学都非空言，而应切近现实人事。
章学诚的“持世救偏”思想，是对顾炎武等思想家学术精神的继承与发扬。顾炎武痛感王学末流性命之论的空疏，而大力倡导经世致用的实学，并提出了“理学，经学也”的命题。顾炎武所言理学与一般理解不同，指的是经学。在他看来，宋代以来的所谓理学到明代已成为末流，不能称之为理学了，而是禅学。因此，理学必须在经学以内讨论，通过经学来探求义理，乃治学之正途。所以，在顾炎武那里，理学，经学，都可视为实学的代名词。而从学术大旨来看，章学诚“言性命者必究于史”、“六经皆史”的命题，与顾炎武“理学，经学也”的观点相比，可谓异曲同工，即治学应发扬求实精神，以经世致用为目标。《文史通义·史释》云：“君子苟有志于学，则必求当代典章，以切于人伦日用；必求官司掌故，而通于经术精微；则学为实事，而文非空言，所谓有体必有用也。”这也就是强调学术要与历史制度和社会现实联系起来，验于人事。
作为一位杰出的思想家，章学诚可谓生非其时。在考据学风盛行的乾嘉时代，他的学问“逆于时趋”，思想不为时人称许，即使在他去世以后相当长的一个时期内，也仍然湮没无闻。直至胡适为他作了年谱，梁启超高度评价他在史学、方志学上的成就，学术界才慢慢关注他。尽管章学诚的思想在他所处的那个时代没有产生应有的影响，但从中我们仍然可以看出他不凡的学术创见。顾炎武提出“理学即经学”的命题时，其主旨并非为了考证，而在于经世致用，但后人曲解他的用意，以致把他奉为清代考据学的鼻祖。从章学诚的思想学术来看，他并没有囿于成说，专事考证，而是继承了顾炎武等大思想家的学术精髓，力矫时弊，直与清初三大师的思想相呼应。