西吉屿在澎湖列岛的东南海域,八罩岛的东南约15公里,东面距离东吉屿约4公里,岛屿呈三角形,面积为0.7789平方公里。地势北高南低,最高点海拔为26.5米。南岸为沙子海滩,余为岩崖。西吉村在东南部,东北多暗礁。