高昌回鹘王国
早在漠北回鹘汗国时代，回鹘势力即已扩张到以高昌（西州）、北庭为中心的新疆东部地区。在840年的回鹘西迁浪潮中，以庞特勤为首的一支越过天山进入焉耆地区。当他得知逃到漠南的回鹘可汗乌介已被杀害的消息后，便于848或856年在焉耆自称可汗，856年唐朝遣使前去册封，但册封使王端章一行被另一股回鹘所阻，册封未能实现。而与之同时，在北庭地区也有一股回鹘势力在活动，“余众保金莎岭（即今天山东部之博格达峰），众至二十万。”当时阻挡唐朝册封使的可能就是这一股势力。至60年代，这一回鹘集团中出现了一位名叫仆固俊的新首领。他率部与吐蕃在西域展开争夺，于866年大败吐蕃大将尚恐热，夺取了西州、北庭、轮台、清镇等要地。战败的尚恐热被拓跋怀光活捉之后斩首。大概就从这一年开始，高昌成为回鹘的首都，北庭成为夏都，标志着高昌回鹘王国的建立。其君主号称亦都护(Iduq-qut)，疆域最广时东起甘肃西部，西到中亚两河流域，南抵昆仑山北麓与于阗、喀什一线，北达天山以北。境内民族除回鹘人、汉人外，还有“南突厥、北突厥、大众熨、小众熨、样磨、割禄、黠戛司、末蛮、格哆族、预龙族之名甚众”。然而，从10世纪末叶开始，其西疆便不断受到哈喇汗王朝的蚕食，疆域日渐促狭。
高昌回鹘时期，多种宗教并行，王室早期信奉摩尼教，后改信佛教，民众则大多皈依佛教，同时亦有不少人信奉景教，拜火教、道教、萨满教亦有信众。高昌回鹘积极发展与周边政权的关系，于辽太祖七年（913）入贡于辽。天赞三年（924），辽太祖西征，“遣兵逾流沙，拔浮图城，尽取西鄙诸部”。随后，辽于北庭置监国太师。辽圣宗于北庭筑可敦城，屯以重兵，高昌回鹘遂为辽之属邦（同时也称臣于宋），辽设高昌大王府以羁縻之。不过，高昌回鹘与宋、辽的这种臣属关系都只是形式上的，而实际上仍保有独立地位。
1125年，辽亡于金。此前，契丹王族耶律大石已率部西逃。1130年，耶律大石借道高昌，受到回鹘亦都护毕勒哥的款待。临行时毕勒哥又赠送了许多马、驼、羊，并表示“愿质子孙为附庸” 。但实际上回鹘并未成为附庸，且与之有过摩擦。1132年，耶律大石在叶立密站稳脚跟后又率兵南下，再次进入高昌，未经战斗，回鹘归顺以为属国，但仍保有相对独立的地位。
1209年，成吉思汗西征，亦都护巴而术阿而忒的斤杀西辽派往高昌的少监，归顺于蒙古。因其率先归附并多次出兵随蒙古军作战，有元一代，高昌回鹘一直享有相当特殊的地位。巴而术阿而忒的斤被成吉思汗封为第五子，并娶成吉思汗女为妻，名义上拥有与四位皇子（即术赤、窝阔台、察合台和拖雷）同样的地位；政治、经济、文化上长期保持半独立状态。
蒙哥汗时期，在别失八里（即北庭）设行中书省。忽必烈继位后，察合台系与窝阔台系的西北蒙古宗王发动叛乱，别失八里成为双方争夺的焦点。其最后的陷落应在至元二十三年（1286）之后。与此同时，双方也开始了对高昌的争夺。自至元十二年（1275）始，西北叛王都哇、海都、卜思巴等多次围困高昌，大约在至元二十年（1283）前后，亦都护火赤哈尔的斤战死。余部遂拥立年幼的纽林的斤为亦都护，在元军的保护下，迁至河西走廊东部的永昌，以后的亦都护都驻此遥领高昌军政。