控制因子
麦克林托克的这句话也许说得过分了一点。事实上，1943年斯特曼（E·Stedman）等人就提出组蛋白的发育与分化过程中起基因抑制剂的作用。
1944年，著名物理学家薛定锷在《生命是什么？》一书中提到“开关基因”（switch genes）,可惜他未作进一步的说明。
对麦克林托克来说，基因作用是如何被调节这个问题也始终是一个紧迫问题，她说：“我觉得，如果你看一看整个生物体以及它是如何发育的，那么那些我们称之为基因的东西恰恰不得不被调控着。”长期与麦克林托克在同一幢实验楼工作的威特金（E·Witkin），日复一日地仿效着麦克林托克的研究，终于也感到能够像麦克林托克那样“实际看见基因在一定的时间里开闭。”
40年代末期，麦克林托克提出“控制因子”的概念。控制因子可以调控其它功能基因（现在称为结构基因）的活动。玉米中的某些控制因子也是一种转座因子，能够从染色体的一个位置跳到别一个位置，甚至从一条染色体跳到另一条染色体。这就是说，转座因子是一种跳跃基因。玉米中的这种因子除了具有跳动的特性之外，还具有控制其它基因开闭的作用。它可以插入到玉米染色体上的颜色基因（编码花青素合成酶的基因）附近，控制颜色基因的开闭。这些控制因子跳得如此之快，使得受它们控制的颜色基因时开时关，于是玉米籽粒上便出现了斑斑点点。玉米中的控制因子可以调控颜色基因的活动，这使得摩尔根最先提出的基因调控假说落实了。
麦克林托克的控制因子学说，上承摩尔根，下启莫诺与雅可布，对后者提出细菌操纵子学说有不可否认的影响。1947年8月在美国冷泉港召开的学术会议上，麦克林托克曾与莫诺讨论过有关问题，他们会见时的照片，至今仍屡见于有关基因调控的书籍中。
50年代初，斯特曼（E·Stedman）、索内本（T·M·Sonneborn）和米尔斯基（A·E·Mirsky）都曾发表过专门的论文，进一步发展了摩尔根最初提出的从基因调控解释细胞分化机理的思想。